Tras la consolidación de la independencia de Chile, una de las primeras preocupaciones de la naciente República fue reconocer el territorio sobre el cual ejercería soberanía e incorporar aquellas regiones que estaban marginadas, como la zona comprendida entre los ríos Bíobio y Toltén. Acá vivían más de 190 mil indígenas entre pueblos pehuenche y mapuche que, desde el siglo XVIII se encontraban en un difuso proceso de colonización espontánea, intercambio comercial y migraciones. En este contexto se estaba cuando se realizó en 1825, el Parlamento de Tapihue entre autoridades del gobierno y el pueblo mapuche. Durante dos décadas se respetaron los acuerdos establecidos en el Parlamento, sin embargo la guerra civil de 1851, generó un nuevo espacio de confrontación entre chilenos y mapuches. José María de la Cruz, líder del movimiento golpista liberal se alió con importantes lonkos y clanes de la Araucanía para derrocar al entonces presidente Manuel Montt, bajo la promesa de respetar su autonomía en el caso que ellos llegaran al poder. Esto motivó a que en 1852, el presidente Manuel Montt, luego de aplacar las rebeliones, tomara las primeras medidas para incorporar al territorio de la Araucanía bajo soberanía chilena. Así, se creó la provincia de Arauco que comprendía los territorios indígenas entre el Bío-Bío y el norte de la provincia de Valdivia y dispuso una norma que protegía la propiedad indígena. Sin embargo, este último aspecto quedó sólo en el papel,ya que la apropiación indebida continuó desarrollándose por parte de unos pocos especuladores que acumularon inmensos territorios conseguidos de manera fraudulenta y distintas argucias.
En este escenario no era de extrañar que en 1859, los mapuches se volvieran a aliar con las tropas liberales en contra de los conservadores, lo que causó importantes daños a los pueblos recientemente fundados como Santa Bárbara, San Carlos o Nacimiento y a las tierras de las haciendas establecidas en la región. La violencia de este alzamiento llevó a la opinión pública a presionar a las autoridades a encontrar soluciones definitivas a este conflicto. En este complejo escenario, la aparición del francés Orélie Antoine de Tounens no vino sino a acelerar un proceso que ya era inminente.Tras el afán independentista del pueblo mapuche y la autoproclamación de Orélie Antoine I como Rey de la Araucanía y la Patagonia, el gobierno de Chile decidió aplicar el plan de ocupación de los territorios, ideado por Cornelio Saavedra y conocido comidentificado por ellos como el proyecto de la “Pacificación de la Araucanía”.n 1861, Cornelio Saavedra comenzó la primera etapa de la ocupación, marcada por una escasa resistencia y un rápido avance. Luego de pasar por el río Malleco, refundó la ciudad de Angol y construyó los fuertes de Lebu (1862), Mulchén (1862), Collipulli (1867) y Cañete (1868), llegando al río Toltén por la costa en 1867, lo que significó la ocupación de una franja de cuarenta kilómetros en sentido longitudinal.
Sin embargo en 1868 el avance fue más complejo, debido a que las tropas se internaron en las zonas altas de la cordillera, lo que provocó sangrientos y brutales enfrentamientos desde las tropas chilenas hacia los indígenas comandados por Quilapán, quienes rápidamente fueron derrotadas, lo que permitió situar la línea del Malleco como una frontera custodiada por 2.500 hombres.
En 1871, la pacificación quedó en manos del general Basilio Urrutia quien logró avanzar hacia Traiguén (1878) fundando un fuerte con el mismo nombre y trasladando la frontera hacia esa zona. Durante este período, las fuerzas mapuches prácticamente no se pronunciaron debido a que quedaron fuertemente debilitadas, lo que permitió realizar tareas agrícolas y ganaderas, montar aserraderos y dar impulsos a los precarios campamentos surgidos bajo el amparo de los fuertes.
El estallido de la Guerra del Pacífico generó un nuevo escenario para la ocupación. El general Basilio Urrutia fue llamado por el gobierno a asumir el cargo de Ministro de Guerra y Marina y las tropas fueron retiradas de la Araucanía. En su reemplazo se movilizaron fuerzas civiles de los pueblos fronterizos, lo que provocó que en 1881 se realizara un sangriento alzamiento general.
Sin embargo, el fin de la Guerra contra Perú y Bolivia implicó que todas las energías gubernamentales y militares estuvieran orientadas hacia la incorporación absoluta de la región de Arauco. Por esto el presidente Domingo Santa María, instruyó a al coronel Gregorio Urrutia anexar en el tiempo más corto posible estos territorios a la República de Chile.
La campaña de 1882 y 1883 reprimió fuertemente a últimos reductos “insurrectos”, quienes no tuvieron más opción que escapar hacia zonas precordilleranas.De esta manera se marcó el fin de la autonomía territorial mapuche y todas las tierras de la región fueron declaradas fiscales La ocupación de estas tierras “libres” quedó en manos de numerosos colonos europeos, principalmente españoles, alemanes, franceses, italianos y suizos que llegaron en 1883 para asentarse en las zonas de Victoria, Ercilla, Quino, Temuco, Imperial, entre otras. Sin embargo, este poblamiento tardó en consolidarse debido a la persistente inseguridad y a su falta de experiencia campesina.
Por su parte, los mapuche fueron confinados en estrechos terrenos comunitarios de mala calidad conocidos como reducciones, asignados por la Comisión Radicadora, para que practicaran sus actividades agrícolas y ganaderas en espacios de corta extensión y con una población en constante crecimiento.
